Die erste schriftliche Erwähnung der Gemeinde stammt aus dem Jahr 1429.

Die Gemeinde Hamry lag an einem Handelsweg, u. z. an der über Špičák ins Úhlavské Tal führenden Eisenstraße (Železná) und gehörte zum Gebiet der künischen Freibauern. Hamry war eines der acht künischen Gerichtsdörfer.
In der Umgebung des Dorfes erfolgte der Abbau von Eisenerz und an der Úhlava wurden Eisenhämmer betrieben. Hiervon stammtauch der Name der Gemeinde. Einer der ersten Eisenhämmer im Böhmerwald arbeitete hier von 1524-1535, 1850 kam es erst zur Gründung der Gemeinde. Es lebten in Hammern 1225 überwiegend deutschsprachige Menschen auf einer Katasterfläche von 3530 ha.
Zu dieser Zeit entstanden in diesem Gebiet auch Glashütten, Glasschleifereien und Mühlen mit Sägewerken, die das Holz aus dem Künischen Forst verarbeiteten. Im 18. Jahrhundert wurde hier auch  eine Glashütte gegründet.
Für das Leben im tiefsten Tal des Böhmerwaldes war der Fluss Úhlava von großer Bedeutung. Seine Wasserenergie triebdurch ein dichtes Netz von Kanälen die Hammermühlen, Mühlenräder und Turbinen in den Wasserkraftwerken an. In den Jahren 1883-1884 entstand die Pezold‘sche Papierfabrik, die noch bis in die 2. Hälfte der 80er Jahre des 20. Jahrhunderts in Betrieb war. Die Produktion wurde erst 1975 eingestellt.
Vor dem Zweiten Weltkrieg hatte die Gemeinde 1450 Einwohner, 1980 waren es nur noch 102. Hamry traf nach 1945 beinah das gleiche Schicksal wie die untergegangenen Böhmerwald-Gemeinden. Von den meisten Siedlungen sind nur Obstbäume oder Grundsteine geblieben. Während der Kommunistenzeit war Hamry zwar zugänglich, aber jedes durchfahrende Auto wurde von der Grenzwache kontrolliert. Damals wurde im Namen der Bahnstation Hamry - Hojsova Stráž das Wort Hamry gestrichen. Heute heißt die Station wieder Hamry - Hojsova Stráž (Hammern – Eisenstrass).
In der Gemeinde findet man heute an den Plätzen, wo einmal die Gerichtsdörfer der künischen Freibauern standen fünf Kapellen, die neu renoviert worden sind. Entlang der Wege zwischen den einstigen Gerichtsdörfern erinnern noch Kreuze, Kalvarienberge und verschiedene sonstige Symbole, an das damalige Leben. Auch Grundsteine und Reste von ehemaligen Siedlungen wie etwa Lenkenhof, Goglhof, Berghof, Modlhof, Stefflhof oder Donnerhof erinnern an frühere Zeiten.
In Hamry wurde am 18. Juli 1901 der Schriftsteller Leo Hans Mally geboren. Die Försterfamilie Mally wohnte im ganz aus Holz erbauten Fenzlhof, der aus dem 19. Jahrhundert stammt. Seit 1873 diente der Hof als Forsthaus. Er ist heute noch bewohnt (Hausnummer 46). Hans Mally studierte in Prag und in München Germanistik. Seine Liebe zu Prag und dem Böhmerwald reflektiert sich in seinen Gedichten und Erzählungen. Die bekanntesten sind die Sammlung von Gedichten „Prag und der Böhmerwald“, das Buch „Geschichten um ein Wald-Dorf“ und „Der alte Böhmerwald - was man sich damals erzählte“. Die Gedichte und Erzählungen handeln alle in der Gegend zwischen Osser und Arber. Hans Mally starb am 16. Dezember 1987 und ist in Bayerisch Eisenstein begraben.

In Hamry lebte seit den 40er Jahren des 20. Jahrhunderts auch der berühmte Komponist und Dirigent Professor Pavel Stuiber. Er wurde am 6. Oktober 1887 in Nepomuk geboren und starb während des Klavierspielens in seiner Villa in Hammern am 20. März 1967. Pavel Stuiber studierte Musik und Philosophie in München und Leipzig. Er dirigierte einige Opern, war Prager Chormeister und Direktor der deutschen Musikschule in Liberec. Manche seiner Werke (er schrieb Kammermusik, Sonaten, Konzerte und Lieder) spielte der Pilsener Rundfunk auch nach 1945. Neben seiner Villa, nicht weit von der Bahnstation Hamry - Hojsova Stráž entfernt, ließ Stuiber in Zusammenarbeit mit dem Architekten N. Materna einen 3 ha großen Botanischen Garten mit einem Arboretum anlegen. Hier wuchsen u.a. Rhododendrons, Yucca-Bäume und andere Baumarten aus China, Afghanistan, Turkestan, Kaukasus oder Süd Amerika. Pavel Stuiber war ein lieber und bescheidener Mensch, der Musik, Natur, Hammern und den ganzen Böhmerwald liebte.