Autobusová doprava spojuje především Stožec s osadou České Žleby a s Volary. Tato autobusová linka dorazí do Stožce jen dvakrát denně.
Po úpravách jízdního řádu na podzim roku 2010 se do Stožce pohodlně dostanete ze směru od Českých Budějovic přes Český Krumlov i z Prachatic. Vlakové spojení lze využít k výletům po blízkém i vzdáleném okolí Stožce.