Die Gemeinde Stožec wurde als Holzfällersiedlung gegründet, wobei das Gründungsjahr nicht bekannt ist. Die erste schriftliche Erwähnung erfolgte im Jahre  1769. Stožec wurde „berühmt-berüchtigt“ als Ort der größten „Wilderer-Schlacht“ in Europa im Jahre 1850. Die bayerischen Wilddiebe griffen dabei die böhmischen Förster, die sich im hiesigen Hotel Pstruh verschanzt hatten, an. Nach der Schlacht blieben einige Tode und viele Verletzte auf beiden Seiten zurück. Bei der Rekonstruktion des Hotels wurde in den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts  noch eine große Menge von Kugeln, die sich in die Balken des Blockhauses eingebohrt hatten, gefunden.
Die Blütezeit von Stožec war das  20. Jahrhundert. 1910 wurde die Gemeinde mit der Eisenbahn verbunden. Es war damals eine der letzten Lokalbahnen, die in Tschechien erbaut wurden. Sie führte von Černý Kříž über Stožec zur Staatsgrenze in Nové Údolí. Diese 8 km lange Bahn ermöglichte die Verbindung zwischen den südböhmischen und den Böhmerwald-Bahnlinien mit der Bayerischen Bahn. Die Einwohnerzahl wuchs langsam, 1900 betrug die Einwohnerzahl 2733 und 1930war sie auf 2811 angestiegen(benachbarte Siedlungen eingeschlossen, die am dichtesten bevölkerte Siedlung war České Žleby /Böhmisch Röhren).
Der Bruch kam nach dem Zweiten Weltkrieg. Das Grenzgebiet wurde wegen des Abschiebens  der deutschen Bevölkerung, also der Mehrheit hier, entvölkert. In Stožec blieben nur 599 Menschen zurück und die Einwohnerzahl senkte sich wegen Repressalien des kommunistischen Regimes im Grenzgebiet, dem Gebiet, das nur wenige Kilometer vom damaligen “West-Deutschland” entfernt war, weiter. Heutzutage leben in der Gemeinde nur noch etwa 200 Menschen (in der Gemeinde Stožec haben ca. 120, in České Žleby ca. 60 und in Dobrá 9 Einwohner ihren festen Wohnsitz). Heutzutage gehört Stožec aber zu den beliebten touristischen Zielen des Gebiets um Volary.