Die ursprüngliche, 790 n. Chr. gegründeteGoldwäscher-Siedlung entstand am Handelsweg nach Bayern am Zusammenfluss von Otavaund Roušárka. Schüttenhofen wurde erstmals 1233 urkundlich erwähnt. Im 12. Jahrhundert gelangte das Gebiet in den Besitz der bayerischen Grafen von Bogen. 1273 gewann König Přemysl Otakar II. die Stadt zurück und begann sie zur Königsstadt auszubauen und in ein Verwaltungszentrum zu verwandeln. 1322 ließ Johann von Luxemburg die Stadt mit Befestigungsanlagen versehen, was auch das älteste Denkmal der Stadt, eine Steinplatte vom Klostertor mit lateinischerAufschrift belegt.
1324 erhielt die Königstadtdie Rechte zum Goldwaschen. Zahlreiche weitere Privilegien erhielt Sušice von Karl IV. und seinem Sohn WenzelIV. 1356 wurde der Stadt das Meilengesetz zugestanden, wobei Schankwirte und Handwerker ihr Gewerbe in einem Umkreis von einer Meile Weges um die Stadt nicht ohne Genehmigung der Stadt betreiben durften (sog. Bannmeile, wobei eine mittelalterliche Meile zwischen 7 und 11 km betrug!). 1372 erhielt die Stadt das Recht Maut zu erheben und 1406 die Erlaubnis zum Abhalten eines  Jahrmarktes zu Mariä Himmelfahrt.
Während der Hussitenzeit spielten die Taboriten in Schüttenhofen eine bedeutende Rolle –es fanden  hier Hussitentreffen statt und die Schüttenhofener nahmen auch an allen bedeutenden Schlachten teil. Die wirtschaftliche Blütezeit erfolgte im 16. Jahrhundert dank des regen Handelsbetriebs am Goldenen Steigs (Salz-, Getreide- und Malz-Handel). Die Teilnahme am Aufstand der böhmischen Stände in der Schlacht am „Weißen Berg“ hatte zahlreiche Konfiskationen der städtischen Güter sowie die Emigration vieler Bürger zur Folge. Im Dreißigjährigen Krieg gelangten schwedische Truppen in die Stadt, was zu einigen Stadtbränden führte. In den Jahren 1678-1681 wütete in der ganzen Region und auch in Schüttenhofen die Pest. Eine der  größten Tragödien  für die Stadt war aber der Brand, der am 20. Juni 1707 ausbrach. Fastalle Häuser  brannten nieder. Innerhalb  einer halben Stunde verbreitete sich das Feuer über  die ganze Stadt, nicht einmal das Archiv konnte gerettet werden. Der Brand zerstörte das prunkvolle Aussehen der Stadt aus dem 16. Jahrhundert nachhaltig. Durch den folgenden Wiederaufbau erhielt die Stadt ihr heutiges Aussehen. Drei Stadttore wurden abgerissen und die Reste der Befestigung und Gräben wurden den Bürgern als Baumaterial für ihre Familien-Häusern verkauft.
Die Zahl der Einwohner stieg sehr schnell an. 1822 lebten hier 2 900 Menschen - 1832 schon 3953. Einen neuen Wirtschaftsaufschwung erlebte die Stadt erst wieder im 19. Jahrhundert mit der Gründung der weltweit bekannten Zündholzfabrik  durch den Tischler Vojtech Scheinost im Jahr 1839. Die Fabrik kaufte anschließend der jüdische Händler Bernard Fürth, der die weitere Produktionsentwicklung und den Fabrikhallen-Bau finanzierte. Durch die Phosphat-Zündhölzer (später Sicherheits-Zündhölzer) wurde Schüttenhofen weltbekannt. Am Ende des 19. Jahrhunderts entwickelte sich  auch die lederverarbeitende Industrie (die Firma Schwarzkopf war die einzige, die mit der Baťa-Serienproduktion und ihren niedrigen Preisen konkurrieren konnte). Viele Firmen waren auch in den Branchen Rohstoffförderung und Bauwesen tätig.
Im Bezirk Sušice gab es 1868 20 Brauereien, 5 Mühlen, 7 Glashütten und ein paar Papierwerke. 1871 fing es in Sušice mit der Lachsfischzucht an. 1888 wurde die Stadt mit der Eisenbahn verbunden und 1898 hat man hier ein Krankenhaus erbaut.
Ab 1933 begann die Fabrik PAP mit der Produktion von Papierbechern aus imprägnierten Papier(heute werden Becher aus Kunststoff hergestellt). Die Einwohner von Sušice waren meist  tschechischer Nationalität und aus diesem Grund  wurde 1938 die Stadt auch nicht an das Deutsche Reich angeschlossen. Am  6. Mai 1945 konnte Sušice von der US-Armee des Generals Patton von den Nazis befreit werden (eine Gedächtnistafel ist am Gebäude des Museums aufgestellt).