Zpočátku tvořil Rejštejn spolu s Kašperskými Horami jednu obec, která měla pečeť a znak už v předhusitské době. O obou částech této významné městské lokality jsou zprávy již od roku 1337. Rejštejn vděčí za svůj vznik úspěšnému rýžování a dolování zlata. Postupem času získala osada relativní samostatnost. Úplné osamostatnění nastalo až v roce 1584, když Rudolf II. povýšil Rejštejn na královské horní město a dal mu stejná práva, jako v té době měly Kašperské Hory.
Dolní Rejštejn získal rovněž právo používat původní pečeť a znak (platné dříve pro obě sídla). Rejštejnský znak vyjadřující příznačné povolání místních obyvatel tvoří červený štít, v němž je uprostřed napřažená paže horníka v černém rukávu držící v ruce zlaté topůrko se stříbrným mlátkem. Po stranách horníkovy paže jsou volně postavena dvě stříbrná hornická želízka se zlatými topůrky.
Pokles těžby v 17. století a odchod mnohých horníků způsobily stagnaci ve vývoji. Svědky zašlé slávy jsou stopy po dolovacích pracech, rýžovnické sejpy a občasné nálezy mlecích kamenů ze středověkých zlatorudných mlýnů. Jisté oživení obci přineslo zakládání skláren a využívání velkého bohatství okolních lesů. Rozvoji mělo napomoci potvrzení privilegií a udělení dalších trhů za Josefa II. a Františka II.
Zvlášť významnou kapitolou v historii místa tvořila existence světoznámé sklárny v Klášterském Mlýně. Původně skelná huť byla založena již r. 1836 Janem Eisnerem, synem huťmistra na Vogelsangu. Nejdříve se zde vyráběly jemné skleněné perle, později tabulové sklo. Po Eisnerovi vede huť Jan Lötz. To se již sklárna proslavila výrobou křišťálového skla. Secesní sklo firmy „Lötz“ z Klášterského Mlýna dosáhlo vrcholu své produkce a firma získala nejvyšší ocenění na většině tehdejších světových výstav (18. a 19. století). Sklo bylo tehdy vyváženo téměř do všech světadílů. Několikrát sklárna vyhořela, byla však vždy znovu moderněji vybudována a zařízena. Do roku 1908 byl jejím majitelem Max, rytíř ze Spaunů. To již si sklárna získala světovou proslulost a prvenství nejen v Čechách, ale v celé Rakousko-Uherské monarchii. Specialitou této sklárny byl proslavený „iris papilon“, takzvaný „motýlí“. Luxusní sklo se stále zdokonalovalo barevnými vlákny, zdobenými nálepy a plastickými dekory. Výrobky ze sklárny Klášterský Mlýn u Rejštejna můžeme vidět v současnosti v muzeu v Kašperských Horách. Sklárna v pozdějších letech těžko konkurovala velkým podnikům. Hospodářská krize a světové války ukončily její existenci v roce 1947. Rejštejn navštěvoval Karel Klostermann. Zasadil sem děj některých svých románů a povídek. Vedle sklárny měli místní obyvatelé příležitost obživy také v nedaleké továrně Franze Watzlavicka, která proslula výrobou dětských kočárků (dnes jeden z provozů Pootavských pil pana Šustra). Práce v lese a při zpracování dřeva je i dnes zaměstnáním velké části místních  obyvatel.
Rejštejn má díky své poloze perspektivu stát se významným střediskem rekreace a turistiky na Šumavě.