Modrava vznikla jako rybářská osada. První dochovaná zmínka o Modravě se datuje do roku 1614 a je spojena s pronájmem velice dobře zarybněného Modravského potoka. Další zmínka je spojená s rokem 1617. Tehdy bylo výnosem královského majestátu umožněno volné pastvení na modravských pláních těm obchodním soumarům, kteří by již toho dne nedošli po obchodní stezce do Kašperských Hor. Od roku 1757 se Modrava rozvíjí jako rybářská a lovecká osada.
Ke změně dochází po roce 1799, kdy kníže Schwarzenberg kupuje od hraběte Kinského rozsáhlé území Prášilského panství a využívá obrovského bohatství dřeva ze zdejších rozsáhlých lesů. V letech 1799–1801 byl pod Modravou vybudován podle návrhu inženýra Josefa Rosenauera 13,6 km dlouhý Vchynicko-tetovský plavební kanál pro plavení dřeva ze šumavských lesů. S novou orientací je spojena také výstavba sídla Březník (Pürstling), které je hlavním dějištěm nejslavnějšího románu spisovatele Šumavy Karla Klostermanna – Ze světa lesních samot.
V roce 1924 byla nákladem 1 041 500 Kč postavena jedna z dominant obce, historická chata Klubu československých turistů – Klostermannova chata. Jejím projektantem je významný architekt Bohuslav Fuchs. Každý návštěvník Modravy si zapamatuje i pohled na slavnou Bienertovu pilu na rezonanční dříví a na hrázděnou stavbu, která v minulosti sloužila jako lovecký zámeček knížete Schwarzenberga. Roku 1934 byla na Modravě dostavěna česká obecní a mateřská škola (od roku 1999 je objekt školy po přestavbě provozován jako Hotel Modrava).
Nedílnou součástí historie šumavských obcí bylo pašeráctví. Až do roku 1918 se přes šumavské lesy dopravovaly různé potraviny – cukr, bavorská sůl, káva, mouka, ale také mladý dobytek, v pozdějších letech i trhací prach pro skály a do pušek. Od roku 1784 po vyhlášení státního monopolu zakazujícího dovoz brazilského tabáku to byl zejména bavorský šňupací tabák „brizil“, „prizil“. Pašeráci požívali mezi svými sousedy velké vážnosti, neboť podle jejich názoru se nejednalo o povolání nečestné, ale o prospěšnou práci. Pokud hospodář potřeboval zboží, které bylo k dostání levněji na bavorské straně, obrátil se obvykle na nejbližšího pašeráka se žádostí o přinesení. Současně mu svěřil zboží, které měl přenést za hranice.
Poměry po druhé světové válce, zejména politické uspořádání Evropy a budování tzv. železné opony, měly za důsledek celkový zánik slavné historie obce. Zanikla hospoda U Tetřeva na Javoří Pile, hospoda U Tří sluk a U Pstruha na Modravě
a hostinec Na Zlaté stezce na Filipově Huti. Byly uzavřeny cesty na Roklan a Luzný a z dávných časů popsaných Karlem Klostermannem zůstali pouze vzpomínky. Významným oživením obce byla existence lesnického učiliště v letech 1961–1982 v areálu U Pstruha.

Historickým mezníkem bylo v roce 1991 vyhlášení Národního parku Šumava.