V místech, kde se dnes rozkládá obec Kvilda, byl v minulosti pouze těžko prostupný hraniční hvozd tvořící přirozenou hranici česko-bavorskou. Byly to zlaté šupinky, které do těchto odlehlých, zalesněných a nehostinných končin přilákaly první rýžovníky. V této době, v polovině 14. století, patřila oblast budoucí Kvildy řádu johanitů. Dodnes se můžeme setkat v okolí Kvildy i Horské Kvildy s tzv. sejpy, neklamnými  pozůstatky po rýžování zlata.
Velký vliv na osídlování zdejší krajiny měly obchodní stezky. Horní zlatá stezka, neboli kašperskohorská, chráněná královským hradem Kašperkem, sloužila obchodnímu ruchu od roku 1366. Spojovala Pasov s Kašperskými Horami přes Salzgattern, Freyung a Kvildu. Tuto významnou obchodní cestu nechal Karel IV. vytyčit v roce 1356. Lze předpokládat, že ves Kvilda vznikla jako servisní osada na uvedené obchodní cestě, pravděpodobně v 16. století.
Zápisy v zemských deskách uvádějí, že v roce 1569 k panství Velký Zdíkov patřila i část obce s názvem „Gvildy“. V berní rule, nejstarším soupisu poddanské půdy z let 1654–1655, je uváděna ves „Kvilda pod Černými horami“. V období tereziánského katastru (1713–1734) již žilo na Kvildě 200 obyvatel, v roce 1793 žilo v 50 domech 380 obyvatel, v roce1870 měla Kvilda 1121 obyvatel.
Koncem 18. století, kdy provoz na Horní zlaté stezce pomalu utichal, vstupují na scénu přímo v katastru obce nová řemeslná odvětví, hamernictví a sklářství, samozřejmě vedle chudého horského zemědělství a řemesel navazujících na těžbu a zpracování dřeva. V tomto období zde pracují tři sklářské hutě. Na ně později navazuje výroba proslulých podmaleb na skle, provozovaná rodinou Verderberů. Světově známým podnikem se stala pila na zpracování rezonančního dřeva, založená roku 1820 Petrem Strunzem. Na Kvildě byly v provozu další pily, truhlářství, soustružny dřeva, výroby lyží, řezbářství. Výroba šindele a dřevěného drátu nechyběly snad v žádné chalupě. Ať to byly skláři, lesní dělníci a dřevorubci – všichni byli zároveň i zemědělci. Zpočátku se museli v této odlehlé části a drsných přírodních podmínkách postarat především o svoji obživu. Noví osadníci vyklučili a vymýtili lesy, a na takto získané půdě založili políčka či pastviny a postavili primitivní obydlí pro sebe a dobytek. K zemědělskému hospodářství patřil nezbytně chov domácích zvířat, zejména skotu. V okolí Kvildy se pěstoval oves, žito, dokonce ozimá pšenice, brambory a zelí. Pro většinu obyvatel mělo zemědělství samozásobitelský charakter. Kvilda se postupně ze zemědělské osady měnila na obec s vyšším počtem řemeslníků a dělníků.
První světová válka a hospodářská krize ve třicátých letech zbrzdila rozvoj obce. Přesto však ještě před druhou světovou válkou patřila Kvilda k nejvýznamnějším obcím centrální Šumavy, která se svým sociálním složením obyvatelstva i hospodářským charakterem podobala spíše městečku než vesnici. Je zde překvapivá škála obchodů – dva koloniály, čtyři řeznictví, čtyři pekařství a cukrářství, dokonce osm krejčích a obchod se střižním zbožím, šest obuvníků a obchod s obuví firmy Baťa, trafiky, holiči, taxi a povoznictví. Pro turisty, kteří objevili Kvildu po první světové válce, byly připraveny hostince s ubytováním a stravováním. Kvilda vedla i rušný spolkový a společenský život. Nechyběly spolky hasičů, tělovýchovné spolky a kapely.
Víra a náboženství, vesměs římskokatolické, provázely zdejší obyvatele od narození do smrti. Nejstarším svatostánkem na Kvildě byla kaple sv. Štěpána z roku 1709. Zřízení prvního kostela a hřbitova bylo zajisté podstatným přínosem pro věřící celého Kvildska. Tehdejší majitel panství Velký Zdíkov, do jehož panství Kvilda patřila, dal v roce 1765 postavit dřevěný kostel zasvěcený památce Nalezení těla Sv. Štěpána.
V červenci roku 1889 vypukl ve středu obce velký požár, který během krátké doby zničil kostel, faru, školu a 18 domů. V roce 1892 se započato se stavbou nového kvildského kostela, tentokráte kamenného. Již za dva roky začal nový kostel sloužit věřícím.
První vyučování začalo v roce 1768. Vydáním Všeobecného školního řádu pro Rakousko v roce 1774 byla zavedena povinná školní docházka pro děti od 6 do 12 let. V roce 1790 navštěvovalo školu ve Kvildě už 52 školáků. V roce 1810 byla postavena hned vedle kostela nová dřevěná školní budova. V meziválečném období navštěvovalo tuto německou školu 160–200 žáků. Česká státní jednotřídní škola byla zřízena k 1. září 1936. Koncem školního roku 1946/47, po odsunu německého obyvatelstva, zbylo ve Kvildě pouze 13 žáků. Jejich počet klesal a v roce 1953 zůstali ve škole pouze tři žáci. Teprve od roku 1955 s příchodem dosídlenců začal počet žáků narůstat. Maximální počet školáků, padesát pět, byl ve školním roce 1964/65. Od tohoto roku jejich počet pomalu klesal a v roce 1994 bylo vyučování na kvildské škole po 226 letech ukončeno.
Postupně narůstající německý nacionalismus, propaganda Henleinovy strany a zvláště pak zrůdná ideologie fašistického Německa způsobily hluboký rozkol v soužití Němců a Čechů v pohraničních oblastech. Po Mnichovské dohodě a vzniku Sudet odešlo z Kvildy české obyvatelstvo. Po vypuknutí druhé světové války dne 1. září 1939 odcházelo postupně na frontu i ze Sudet značné množství německých práceschopných mužů. Situace ve výrobních podnicích,  lesních závodech  a zemědělství začala být kritická. Německé úřady organizovaly přísun příslušníků poražených a okupovaných států. Byli to nejen zajatí vojáci, ale i nasazené civilní obyvatelstvo z východu, tzv.„ostarbeiter“. Za tímto účelem byly zřizovány zajatecké  a pracovní tábory. Ve druhé světové válce padlo 63 občanů Kvildy a dalších 24 mužů bylo pohřešováno. Do dotazníku ONV v Prachaticích ze dne 29. 8. 1945 uvedla Správní komise ve Kvildě, že v den zrušení německé okupace v roce 1945 je celkový počet obyvatelstva 1450, z toho je 1435 občanů národnosti německé a 15 občanů české národnosti. Do srpna roku 1945 uprchlo z Kvildy 226 německých občanů a přistěhovalo se 15 osob české národnosti. Od 24. května do 8. října 1946 bylo odsunuto v 11 transportech celkem 649 obyvatel německé národnosti. Jedním z důsledků událostí souvisejících s druhou světovou válkou bylo, že v roce 1950 měla Kvilda pouze 238 obyvatel. Poválečný vývoj Kvildy byl ovlivněn nejen odsunem německého obyvatelstva a dosídlením malého počtu nesourodých obyvatel, ale i zřízením pohraničního pásma, které zvláště na západní hranici, jmenovitě s BRD, podléhalo přísnému režimu. K 1. lednu 1949 vznikl ve Kvildě útvar 9 600 Pohraniční stráže Sboru národní bezpečnosti, do jehož působnosti byla ke stejnému datu přenesena pravomoc Finanční stráže v celním pohraničním pásmu, čímž byla Finanční stráž rozpuštěna. Od roku 1951 do roku 1954 se Kvilda dokonce ocitla v hraničním pásmu. Od roku 1952 bylo v obci Velitelství praporu PS Kvilda a od 1. 1. 1966 zde vznikla  rota PS, jejíž působnost byla ukončena v roce 1990.