Původně byla obec Kubova Huť sklářská osada. První písemné zmínky jsou z roku 1728, byla pojmenována po zámeckém hejtmanovi Gubovi, respektive po lese, jehož jméno nesl. V roce 1728 obdaroval kníže Adam František Schwarzenberg vimperského měšťana Jana Podschneidera (Padescheyder), který již 22 let pracoval na Janouškově huti, 160 strychy lesa pod Gubovým lesem, aby zde postavil huť s příslušenstvím a byty pro sebe a dělníky, a po vytěžení dřeva ke stavbám mu dovolil zde udělat pole, louky a pastviny. K výrobě potaše mu určil Mlynařovický a Batavský revír. Za to mu vyměřil činži gruntovní 10 zlatých a lesní 35 zlatých, kterou měl Podschneider začít splácet až po šesti letech. 12. září 1729 byla huť hotova. Vyrábělo se zde tabulové, zrcadlové i bílé sklo. Ovšem Podschneiderovi se nedařilo a roku 1736 byla huť pro vysoké zadlužení zavřena.
Na Kubově Huti zůstalo sedm osadníků, kteří získali podíly – Gregor Wagner, Leonhard Zach, Andreas Sellner, Franz Bossl, Paul Ilg a Urban Polster. Úsilí o získání každého metru půdy pro pole a louky ztěžovaly studená léta a dlouhé, kruté zimy. Do života zasahovaly i šelmy žijící v okolních lesích, v roce 1808 roztrhal medvěd Kubohuťským několik kusů hovězího dobytka. Dopravní spojení s okolím se zlepšilo po roce 1811, kdy se začalo s budováním silnice z Vimperka do Pasova k Dunaji. V letech 1857 -1859 byla postavena Lukenská cesta jako hlavní komunikace boubínských hvozdů, na ni se napojila Kubohuťská cesta směřující z Kubovy Hutě na východ. V roce 1900 byla také zprovozněna železniční trať spojující Vimperk a Lenoru. V Kubově Huti bylo zřízeno nádraží.

Na přelomu 19. a 20. století měla Kubova Huť telefonní spojení se správou panství na vimperském zámku, v roce 1908 byla postavena knížecí lesovna a hájenka. 12. října 1912 začala výstavba školy, která byla dokončena za tři měsíce. Vyučování začalo 5. ledna 1913 se třiceti žáky. Budova je celodřevěná, pozoruhodné je, že byla přivezena ze severoamerického kontinentu.
Do života obyvatel obce se zapsaly i obě světové války. Z první se nevrátili do svého domova tři občané Kubovy Huti, z druhé deset.Zajímavé jsou také historické údaje o počtu obyvatel na základě sčítání od roku 1869. Právě v roce 1869 byl počet obyvatel nejvyšší, a to 153 obyvatel. Každým rokem se toto číslo snižovalo, ovšem nešlo pod 100 obyvatel. Následkem druhé  světové války se zaznamenalo v roce 1950 v Kubově Huti pouhých 55 obyvatel, což přetrvávalo až do roku 1991. Od r. 2001 Kubova Huť a její obyvatelé „rostou“ a čísla opět začala překračovat hranici stovky.