Boubínský prales je nejznámějším chráněným územím České republiky, současně ale také patří k nejstarším lesním rezervacím v Evropě. Přirozený, po staletí lidskou činností téměř nedotčený vývoj lesní vegetace v této části boubínských lesů byl důvodem pro jejich ochranu. Boubín ovšem neleží mimo veškerou civilizaci, ale je součástí středoevropské kulturní krajiny. Vzhledem k jeho povaze nedaleko trojmezí, tvořeném Českou republikou, Rakouskem a Německem, je historie boubínské pralesní rezervace spjatá s kulturní historií tohoto regionu.

Pašerácké stezky a těžba dřeva

Lesy vždy pro člověka představovaly neobyvatelné místo (krom poustevníků, myslivců a podobných podivínů) a v lidské fantazii se spojovaly s duchy, strašidly, dravými šelmami a vším, co člověku nahání strach. Dalo se v nich snadno zabloudit
i přijít o život a lidé se do nich vypravovali jenom z nezbytí, pro obživu a pro peníze. Boubínskými lesy vedly dvě pašerácké stezky. Pašovalo se skoro všechno: sůl, střelný prach, dobytek, obilí a také šumavská oblíbená droga Brizil. Její základní surovinou byl tabák, do kterého se přidávalo vepřové sádlo, sušené švestky a pepř a celé se to šňupalo. Na Šumavě také kvetlo sklářské řemeslo a sklárny byly co do spotřeby dřeva jako ohniví draci. Přestože sklárna v Kubově huti byla od pralesa jen několik kilometrů, vystačila si se dřevem z nejbližšího okolí a naštěstí pro prales brzo zkrachovala. Boubínský prales byl pro podobné podnikání a těžbu dřeva těžko přístupný. V jeho blízkosti byl sice vybudován Schwarzenberský kanál, díky němuž se dřevo dostávalo do Vídně i do Prahy, ale prales zůstal znovu ušetřen.

Jeho definitivní vyjmutí z lidské činnosti je zásluhou lesmistra Josefa Johna (1802–1871), jehož požadavky se donesly k majiteli lesů Knížeti Janu ze Schwarzenbergu. Ten roku 1858 rozhodl, aby „…pro věčné časy lesní oddíly, co zbytkové někdejších pralesů za prales ustanoveny. Zde se nesmí žádné dříví porážet, vůbec žádná práce vykonávat, a jest nyní úplně sám sobě ponechán.“ Původní plocha pralesa měla 144 ha, ale později se ochranné pásmo kolem vlastního pralesního jádra ještě rozšířilo. Národní přírodní rezervací byl Boubínský prales vyhlášen roku 1933 a v roce 1958 byla jeho plocha rozšířena na dnešních ďábelských 666 ha. Některé boubínské stromy jsou staré až 400 let, což znamená, že klíčily ještě před třicetiletou válkou a v době, kdy psal Komenský a maloval Rembrandt, už měly víc než 10 metrů. Král smrků, který padl 4. 12. 1970, se dožil více než 440 let a svou výškou 57 metrů téměř trumfoval Petřínskou rozhlednu (60 m), Další  boubínskou zvláštností jsou tzv. chůdové kořeny.