Die Gemeinde Horní Vltavice gehört zu den ältesten Böhmerwald-Siedlungen. Die Gemeinde entstand an einer Furt über dem Fluss Teplá Vltava an einem der Zweige des mittelalterlichen “Goldenen Steigs”, der von Passau nach Vimperk führte. In den Zeiten um 200 vor Christus begannen hier die Kelten mit der Goldförderung, deren Spuren man in der Umgebung von Horní Vltavice noch überall finden kann. Die Goldwaschanlagen, die aus kleinen Hügeln an den Ufern des Flusses Teplá Vltava bestehen, kann man entlang des Baches Kaplický potok unterhalb der Straße von Zátoň und nordwestlich von Horní Vltavice sehen. Die erste historisch nachgewiesene Erwähnung von Horní Vltavice stammt zwar aus dem Jahre 1359, der Ort war aber offensichtlich schon früher besiedelt, denn es durchquerten hier die Karawanen vom Winterberger „Goldenen“ Steig auf einer Furt den Fluss Vltava. Nach dem Verfall des Handelsverkehrs am „Goldenen Steig“ verdienten die Bewohner ihren Lebensunterhalt in der Glasmacherindustrie. In  der Gemeinde selbst und in ihrer Umgebung standen schon im 16. und 17. Jahrhundert einige Glashütten. Direkt in Horní Vltavice befand sich die interessanteste – eine Spiegelglashütte, deren Existenz von 1618 an belegt ist.
Während der Schwarzenbergschen Herrschaft um 1719 lebten die hiesigen Bergbewohner vom unendlichen Reichtum der umliegenden Wälder. Damals entstanden die ursprünglichen Holzfällersiedlungen Slatina, Březová Lada, Račí und Polka, die im Kataster Horní Vltavice gelegen sind. 1907 hatte die Gemeinde 2793 Einwohner, davon Horní Vltavice 503, Zátoň, Kaplice und Lenora, das  bis 1949 ein Teil von Horní Vltavice war, 1307, Račí 161, Kubova Huť (bis 1990 ein Teil von Horní Vltavice) 140, Žlíbky 276, Polka 180, Slatina 89 und Březová Lada 137. Im 20. Jahrhundert beeinflussten die Kriegskonflikte das Leben der hiesigen Bewohner. An die Opfer des Ersten Weltkrieges erinnert das Denkmal auf dem Friedhof von Horní Vltavice, nach dem dreiundsechzig Gefallene aus Horní Vltavice, Račí, Kubova Huť, Slatina, Polka, Březová Lada, Zátoň, Houžná und Vlčí Jámy zu beklagen waren. Auch in Lenora wurde ein Denkmal den zweiundzwanzig Gefallenen gewidmet. Nach dem Münchner Abkommen wurde die Tschechoslowakei aufgeteilt  und das Gebiet um Horní Vltavice dem Deutschen Reich zugeschlagen. Am 2. Oktober 1938 wurde Horní Vltavice von der Deutschen Armee besetzt und angesichts der überwiegend deutschen Bevölkerung wurde dies  in Obermoldau als Befreiung empfunden.
Der überwiegende Teil der Männerpopulation wurde dann zur Wehrmacht eingezogen und an die Front geschickt. Der sich dadurch ergebende  Mangel an Arbeitskräften wurde durch Häftlinge (Sowjets, Franzosen, Belgier, Holländer, Ukrainer, Polen und andere) behoben, die in der Gemeinde und ihrer Umgebung in Arbeitslagern lebten. Die Häftlinge arbeiteten meistens im Wald, schlugen Holz, erzeugten Holzkohle und sammelten Harz. Die Gemeinde Horní Vltavice wurde nach heftigen Kämpfen in Strážný am Abend den 5. Mai 1945 von der 5. Division (Red Diamond) der 3. US Armee des Generals Pattons besetzt. Aus dem Zweiten Weltkrieg kehrten 150 Männer von den Schlachtfeldern nicht mehr zurück.
Nur ein paar Tage vor dem Kriegsende zog durch die Gemeinde der Todesmarsch hindurch, der unsägliches Leid für Hunderte von jüdischen Frauen und Mädchen mit sich brachte. Dreizehn von ihnen starben in Polka und  wurden dort begraben. Ihre sterblichen Überreste wurden später nach Volary überbracht. Am Rande von Horní Vltavice wurde aus dem Transport eine 26-jährige unbekannte Frau herausgenommen und erschossen. Später wurde sie in der oberen rechten Ecke des Friedhofes in Horní Vltavice bestattet. 
Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges 1945 wurde die ursprünglich deutsche Bevölkerung abgeschoben. Die Vertreibung der Deutschen und die Wiederbesiedlung des tschechischen Grenz-gebietes stellten schwere soziale und wirtschaftliche Veränderungen in der Nachkriegsgeschichte der Gemeinde dar.
In Horní Vltavice fing die Bergweiden-Genossenschaft an zu arbeiten und 1949 wurde hier der Staatshof, der bis 1994 existierte, gegründet. Heute ist Horní  Vltavice mit ca. 400 Bewohnern ein natürliches Touristenzentrum des zentralen Böhmerwaldes. Die Einwohner arbeiten im Wald als Landarbeiter oder auf dem Dienstleistungssektor.