Horní Vltavice patří k velmi starým šumavským sídlům. Obec vznikla při brodu přes Teplou Vltavu na jedné z větví tisícileté středověké „Zlaté stezky“ vedoucí z německého Pasova do Vimperka. V dobách kolem 200 let před Kristem začali Keltové těžit na Šumavě zlato. Stopy po rýžování zlata  můžeme najít i v okolí Horní Vltavice. Rýžoviště se nacházejí na Kaplickém potoce pod silnicí od Zátoně a v severozápadním okolí Horní Vltavice, kde jsou drobné sejpy v náplavech Teplé Vltavy. První historicky doložená zmínka o Horní Vltavici sice pochází až z roku 1359, je ale zřejmé, že místo, kde karavany putující po vimperské větvi Zlaté stezky brodily Vltavu, bylo osídleno mnohem dříve. Po útlumu obchodního  ruchu na stezce, hledali zdejší obyvatelé podobně jako v jiných místech Šumavy obživu ve sklářství.
I v samotné obci a v jejím okolí se již v 16. a 17. století nacházelo několik hutí. Přímo v Horní Vltavici je v roce 1618 doložena existence nejzajímavější z nich – huti na zrcadlové sklo. Po příchodu Schwarzenbergů v roce 1719 našli zdejší horalé obživu ve zdánlivě nekonečném bohatství místních lesů. Právě do této doby spadá vznik okolních, původně dřevařských obcí jako Slatina, Březová Lada, Račí nebo Polka, ležících na katastru Horní Vltavice. V r. 1907 měla obec 2 793 obyvatel, z toho samotná Horní Vltavice 503 obyvatel, Zátoň, Kaplice  a Lenora (do r. 1949 součástí Horní Vltavice) 1307 obyvatel, Račí 161 obyvatel, Kubova Huť (do r. 1990 součástí Horní Vltavice) 140 obyvatel, Žlíbky 276 obyvatel, Polka 180 obyvatel, Slatina
89 obyvatel a Březová Lada 137 obyvatel. Válečné konflikty 20. století významně poznamenaly život místních obyvatel. Oběti I. světové války jsou připomínány pomníkem šedesáti třem padlým z obcí Horní Vltavice, Račí, Kubova Huť, Slatina, Polka, Březová Lada, Zátoň, Houžná a Vlčí Jámy, na hornovltavickém hřbitově.  Dvaceti dvěma lenorským padlým byl postaven pomník přímo v Lenoře. Mnichovskou dohodou došlo k rozdělení ČSR a území Horní Vltavice připadlo k Německu. Dne 2. října 1938 byla Horní Vltavice obsazena německou armádou, vzhledem k národnostnímu složení území bylo obsazení považováno za osvobození. Převážná část mužské populace byla povolána ke službě ve wehrmachtu a odešla na frontu. Tento výpadek byl nahrazen zajatci, kteří žili na území obce v několika pracovních táborech tvořených válečnými zajatci (Sověty, Francouzi, Belgičany, Holanďany, Ukrajinci, Poláky a dalšími). Zajatci pracovali převážně v lesích při těžbě dřeva, výrobě dřevěného uhlí a sběru pryskyřice. Obec Horní Vltavice byla po poměrně urputných bojích ve Strážném v podvečer 5. května 1945 obsazena 5. pěší divizí (Red Diamond), 3. americké armády gen. George S. Pattona. Z bojišť II. světové války se nevrátilo z celé obce 150 mužů.
Jen několik málo dní před koncem války prošel obcí pochod smrti, který přinesl neskutečné utrpení pro stovky židovských žena a dívek. Třináct z nich svoji strastiplnou pouť ukončilo na Polce, kde byly pochovány v mělkých hrobech a jejich ostatky byly později přeneseny do Volar. Na okraji Horní Vltavice byla z transportu vyvedena a zastřelena neznámá šestadvacetiletá žena, která byla později pohřbena v pravém horním rohu hornovltavického hřbitova.
Po skončení II. světové války v r. 1945 došlo k odsunu původního obyvatelstva. Odsun německého obyvatelstva a dosidlování českého pohraničí představovalo hluboké sociální a hospodářské změny v poválečné historii obce.
V Horní Vltavici začalo pracovat Horské pastvinářské družstvo a v r. 1949 zde byl ustaven Státní statek, který pracoval až do r. 1994. Dnes je Horní Vltavice čítající čtyři stovky obyvatel přirozeným turistickým střediskem nacházejícím se v centru Šumavy. Obživou dnešních obyvatel je práce v lese, zemědělství a službách.