Na výšině nad přechodem přes Teplou Vltavu se sloužívaly mše pod širým nebem.
Roku 1714 zde byla postavena kaple Panny Marie, která však potřebám rostoucí obce dlouho nepostačovala. Proto byla roku 1724 přestavěna na kostelík. Po vysvěcení se však budovalo dál. Oltářní obraz patronů kostela sv. Jana z Nepomuka a Svaté rodiny stejně jako obraz sv. Ducha nechal zhotovit Adam František Schwarzenberg od Pietra von Roye v letech 1724 a 1725. Varhanář Jiří Dvorský staví v roce 1727 za 150 zlatých pozitiv a o rok později je dokončena i věž kostela a osazena dvěma zvony. Kostel je dokončen a kaplanství povýšeno na farnost. V roce 1829 byla podlaha pokryta prkny. V letech 1833–1841 byly zavedeny poplatky z každého místa v lavici a později i z účasti na bohoslužbě. Na pomocníka si místní farář musel počkat až do roku 1853, kdy pro velký počet farníků byla zřízena dotace na kaplana, jímž byl od 12. července toho roku Wenzel Bayer. Pomalu se začalo přemýšlet o dalším rozšíření kostela, ke kterému došlo v roce 1859. Pseudobarokní kazatelna pochází rovněž z doby rozšíření kostela. V té době byl ve dřevěné vížce kostela zavěšen třetí zvon (od roku 1770) a od roku 1842 ukazovaly čas věžní hodiny. Současný hodinový stroj pochází z roku 1914 a byl vyroben ve vídeňské dílně Richarda Liebinga. První, čeho si návštěvník kostela všimne, je křišťálový lustr, který je připomínkou slavných dob lenorské sklárny. První křišťálový lustr daroval kostelu v roce 1862 majitel sklárny Kralik. Ten se však po čtyřiceti letech zřítil, a tak roku 1902 byl ve stejné dílně vyroben ten dnešní. Z lenorské sklárny pocházejí i oba okenní obrazy znázorňující evangelisty Jana a Matouše. Nezachovaly se ani původní varhany. Dnes se kostel pyšní nástrojem, který byl prohlášen za kulturní památku a je dílem tachovského varhanáře Gartnera z roku 1812. Vltavický kostel byl svědkem mnoha zajímavých událostí. V roce 1957 zde byli církevně oddáni Vladimír Ráž a Alena Vránová, hlavní hrdino¬vé klasické filmové pohádky Pyšná princezna. Ve zdejším kostele svého času ministrovali Martin a Petr Štěpánkovi, synové národního umělce Zdeňka Štěpánka.