Na správním území Horní Vltavice se rozkládá jedno z turisticky nejznámějších a nejatraktivnějších míst Šumavy Boubínský prales. Boubínský prales byl chráněným územím vyhlášen v roce 1858 a je třetí nejstarší českou přírodní rezervací (po Žofínském pralesu a Hojné Vodě). Boubínský prales vznikl z rozhodnutí majitele vimperského panství Jana Adolfa Schwarzenberga. Největší zásluhu na zřízení boubínské rezervace měl knížecí lesmistr Josef John. Josef John (17. srpna 1802 v Petrově Dvoře u Netolic –1871) byl význačný český lesnický odborník v systematizaci lesů na schwarzenberském lesním majetku.
Původní rozloha pralesa s deklarovanou ochranou už od r. 1858 činila 143,7 ha. Větrná a následná kůrovcová kalamita, zejména v těžebně narušených porostech na Pažení a kolem vrcholu Boubína, však vyvolala rozsáhlé těžby také v do té doby nedotčeném pralese, takže jeho výměra klesla na 46,67 ha. Dnešní celková výměra rezervace je 666,41 ha.
Národní přírodní rezervace Boubínský prales se rozprostírá na svazích Boubína (1368 m) a Pažení (1281 m). Porost Boubínského pralesa je tvořen zejména bukem, smrkem a jedlí a je nejzachovalejším zbytkem původních rozsáhlých šumavských smíšených horských lesů, tzv. pomezního hvozdu. Nejstarší smrky a jedle dosahují stáří 300–400 let. Největší boubínský smrk Král smrků byl 450 let starý, vysoký 57,6 m, v obvodu měřil 508 centimetrů, v koruně měl vychýlení 11 metrů a padl při silném větru 4. 12. 1970.Vedle 300–400 let starých velikánů nás upoutají i četné další stromy, např. na rozkročených chůdových kořenech. a další růstové zajímavosti.
Národní přírodní rezervace Boubínský prales je jedním z mála míst, ve kterých je možno pozorovat skutečně přirozené chování lesních ekosystémů. Samotné jádro pralesa je dnes již turistům nepřístupné a je odděleno dřevěným plotem. Kolem jádra pralesa je vedena okružní naučná stezka Boubínský prales. Výchozím místem je Boubínské jezírko. Délka trasy je 3,8 km, součástí trasy je
9 zastavení.