První písemné zmínky o osadě pocházejí již z roku 1429.

Obec Hamry vznikla na obchodní stezce zvané Železná či Bavorská, která vedla přes sedlo Špičáku do Úhlavského údolí. Stala se sídlem jedné z největších králováckých rychet. Obec se tehdy skládala z mnoha samostatných dvorců roztroušených podél řeky Úhlavy i vysoko pod hraničním hřebenem. Za rozvojem osady stojí zpracování železné rudy v oblasti. Svůj název obec dostala podle hamrů, které zde zpracovávaly železnou rudu těženou v okolí. Jeden z prvních hamrů na Šumavě zde byl založen v letech 1524–1535. Vlastní obec vznikla v roce 1850 o rozloze 3530 ha a měla 1225 převážně německy mluvící obyvatel.
Vznikaly zde též sklářské hutě, brusírny skla a řada mlýnů s pilami, které zpracovávaly dřevo z neproniknutelného Královského hvozdu. V polovině 18. století tu byla založena také sklárna.
Řeka Úhlava byla velmi významnou pro rozvoj života v tomto nejhlubším údolí Šumavy. Její vodní energie poháněla hamry, mlýnská kola, roztáčela turbíny vodních elektráren. Důmyslnými vodními kanály otevřenými i zatrubněnými se plně využíval vodní potenciál oblasti.
Roku 1882–1884 firma Petzoldt zřídila v obci papírnu, kde probíhala výroba dřevoviny a dřevitého papíru. Ta pracovala ještě ve 2. polovině 80. let 20. století. Výroba byla zrušena v roce 1975.
Nejvíce obyvatel dosáhla obec před druhou světovou válkou – 1450, nejméně v roce 1980 – pouze 102 obyvatel. Hamry po roce 1945 málem potkal osud řady obcí, které úplně zanikly. Po řadě usedlostí zbyly jen základy nebo ovocné stromy. Obec byla za socialismu sice přístupná, ale část Hamrů ležela v hraničním pásmu a každé projíždějící auto bylo kontrolováno pohraničníky. Z názvu nedaleké železniční stanice Hamry – Hojsova Stráž bylo dokonce slovo Hamry vyškrtnuto. Dnes už je vše naštěstí zase při starém.
V rozlehlé obci naleznete v místech bývalých dvorců jako Knížecí statek, Veitlovský dvorec, Špirkův, Guberův a Fenzlův dvůr, pět dochovaných kapliček, které byly dnešními vlastníky opraveny. U cest, které spojovaly jednotlivé dvorce, lze spatřit různé křížky, boží muka, symboly ztraceného života sedláka či lesního dělníka. Historii obce a život lidí z dob minulých připomínají dále dochované názvy původních dvorců jako například Lenkenhof, Goglhof, Berghof, Modlhof, Stefflhof, Donnerhof,  které lze ještě najít podle patrných kamenných základů.
V Hamrech se narodil 18. 7. 1901 spisovatel Leo Hans Mally jako syn lesníka, jehož rodina bydlela na Fenzlově dvoře. Tato dřevěná stavba pochází z počátku 19. století, od roku 1873 sloužila jako hájovna. Tato budova je dodnes obývaná (č. p. 46). Hans Mally studoval germanistiku v Praze a Mnichově. Miloval Prahu i Šumavu a většina jeho básní a prózy se váže k těmto místům. Známá je sbírka básní „Prag und die Böhmerwald“, próza „Geschichten um ein Walddorf“ a kniha „Der alte Böhmerwald – was mann sich damals erzälte“ (Stará Šumava – co se tenkrát vyprávělo), básně a příběhy jednoho roku v kraji mezi Ostrým a Javorem. Spisovatel zemřel 16. 12. 1987 a je pochován v bavorské Železné Rudě.

Významná osobnost, která v Hamrech od čtyřicátých let  20. století žila a u klavíru ve své vile 20. 3. 1967 zemřela, byl hudební skladatel a dirigent, profesor Pavel Stuiber. Narodil se 6. 10. 1887 v Nepomuku. Studoval hudbu a filozofii v Mnichově a Lipsku. Byl dirigentem několika operních scén, pražským sbormistrem, ředitelem německé hudební školy v Liberci. Psal komorní skladby, sonáty, koncerty a písně. Některé z nich uvedl plzeňský rozhlas po roce 1945. U své vily nedaleko nádraží Hamry – Hojsova Stráž vybudoval na rozloze tří hektarů za spolupráce zahradního architekta N. Materny botanickou zahradu a arboretum, které svou přirozeností zapadaly do rámce zdejší krajiny. Nashromáždil v nich mnoho vzácné květeny a dřevin. Kvetoucí rododendrony, juky, náprstníky a jiné vzácné exempláře dovezené z Číny, Afghánistánu, Turkestánu, Kavkazu i Jižní Ameriky lákaly k obdivu mnoho návštěvníků a kolemjdoucích turistů. Pavel Stuiber byl milý a skromný člověk milující hudbu, přírodu, Hamry a celou Šumavu. Po jeho odchodu ze života, tak jako po odchodu jiných, i jeho zahrada osiřela a časem zarostla.