Chalupská slať představuje přechodný typ mezi údolními vrchovišti vltavského údolí od Lenory po lipenskou nádrž a horskými vrchovišti na náhorní plošině Šumavských plání, od nichž se poněkud odlišuje i složením vegetace a fauny. Je to způsobeno nejen periferní polohou na okraji Šumavských plání a menší nadmořskou výškou, ale i údolní polohou, hydrologickými poměry, menšími ročními srážkami a vyššími průměrnými ročními teplotami.
Rašelinné ložisko zde zahrnuje dvě rozsáhlá samostatná údolní vrchoviště, spojená pouze velmi mělkou vrstvou rašeliny v jeden rašeliništní komplex. Celé ložisko leží v mělkém širokém údolí, má protáhlý tvar od severu k jihu.
Větší jižní rašeliniště je Chalupská slať, menší severní je Novosvětská slať. Ložisko je syceno silnými bočními svahovými prameny z komplexu Zvěřína a Janské hory na západě. Na jihu je ohraničováno meandrujícím Vydřím potokem, na jihu Teplou vltavou. Celé ložisko leří v nadmořské výšce 897-920 m. Průměrná mocnost rašeliny je 1,9 m, největší mocnost je u jezírka (v ČR největší rozlohou - 1,3 ha, největší hloubka 1,5 m ) v neporušené části Chalupské slatě - 7 m. Celé rašeliniště má plochu 137 ha a obsahuje asi 2,340.000 kubíků rašeliny.
Na obou slatích probíhala těžba rašeliny. Těžba probíhala ručně podobně jako na Jezerní slati a byla narušena plocha cca 50 ha. Odhaduje se, že bylo vytěženo asi 400.000 kubíků rašeliny. Známky těžby jsou cestou k jezírku dosti zřetelné, vegetace těžbou narušených ploch celkem dobře regeneruje a zarůstá řídkým náletem břízy pýřivé, vtroušeným smrkem, borovicí lesní a místy dokonce klečí.
V zarůstajícím jezírku si všimneme ponořených submersních rašeliníků a poloplovoucích rašelinných ostrůvků, které jsou přímo posety přízemními růžicemi červených lepkavých lístků rosnatky okrouhlolisté (Drosera rotundifolia) naší "masožravé" rostliny.